סיליקט טבעי המכיל זירקון ZrSiO4 נקרא זירקון (זירקון) או זעתר (יקינתון) בתפוצה רחבה בטבע, עם מגוון צבעים יפים מכתום ועד אדום, מאז ימי קדם זה נחשב לאבן חן, אומרים שהמילה זירקון באה מהמילה הערבית Zarqūn, שהיא צינבר, ומספרים שהיא באה גם מהמילה הפרסית Zargun, שהיא זהב, ויקינתון מגיע מהמילה היוונית "שושן", ומדינת האי סרי לנקה באוקיינוס ההודי היא עשיר בזרקון. אבני חן המכילות זירקוניום כצורה של זירקון ידועות עוד מימי קדם.
בשנת 1789, MHKlaproth הגרמני מצא שכאשר חקר זירקון, הוא היה אוטקטי עם נתרן הידרוקסיד, נוזל הקירור הומס עם חומצה הידרוכלורית, אשלגן פחמתי הוסיפו לתמיסה, המשקעים סוננו ונוקו, ולאחר מכן המשקעים היו משותפים. מבושל עם חומצה גופרתית, ולאחר מכן סיננה תחמוצת הסיליקון, וסידן, מגנזיום, תחמוצת האלומיניום, שלא נמצאה, שקעה לאחר הוספת אשלגן פחמתי לתמיסה, המשקע הזה לא התמוסס בלובת כמו אלומינה , וגם לא קיים אינטראקציה עם חומצה כמו תחמוצת מגנזיום, קלפרות' האמין שמשקע זה שונה מהתחמוצות המוכרות בעבר, והורכב מזירקונרד (זירקוניום, גרמנית), ועד מהרה אישרו הכימאי הצרפתי דה Both Morueau ו-Vauquelin את נכונות MH הניתוח של קלפרוט, השם הלטיני של היסוד הוא זירקוניום, והסמל הוא Zr, שמתורגם לזירקוניום בסינית.
בשנת 1808, H.Davy הבריטית השתמשה בזרם חשמלי לפירוק תרכובות זירקוניום, ללא הצלחה, בשנת 1824, JJ Berzelius השבדי השתמש לראשונה באשלגן להפחתת K2ZrF6 לייצור מתכת זירקוניום, אך הוא לא היה טהור מספיק, נוסחת התגובה הייתה: K2ZrF{ {5}}K=Zr + 6KF, התגובה יכולה לשמש גם ב-Na כחומר מצמצם, עד 1914, שני חוקרים Lely and Ham במפעל לייצור מנורות חמות ממתכת לבנות בהולנד Bruger השתמשו בטטראכלוריד זירקוניום נטול מים ועודפי מתכת נתרן לכדור ריק, מחומם בזרם חשמלי ב-500 מעלות, והשיג זירקוניום מתכת טהורה.
זירקוניום טהור לחלוטין הופק רק בשנת 1925 על ידי הכימאים ההולנדים אנטון אדוארד ואן ארקל ויאן הנדריק דה בור על ידי פירוק זירקוניום טטראיודיד (ZrI4). זירקוניום מיוצר בכמויות גדולות על ידי חימום זירקוניום טטרכלוריד עם מגנזיום.